江户川柯南
外表看似小孩，其真实身份是高中生侦探——工藤新一。和青梅竹马的同学毛利兰一起去游乐园玩，目击到黑衣男子的可疑交易现场，被灌下开发中的药物，变成了小学生的身体。那天以后，为了隐藏真实身份，化名江户川柯南，在青梅竹马的毛利兰家寄住的同时，解决了许多案件。一切都是为了恢复自己的身体。
人物简介
工藤新一
崇拜夏洛克·福尔摩斯的高中生侦探。5月4日出生，17岁。帝丹高中2年级B班。特长是足球，头脑清醒出众。和青梅竹马的小兰一起去游乐园时，遇到了黑衣男子的交易现场，被组织灌下正在开发中的毒药“APTX4869”，此后，就断开了联系。还是高中1年级学生的时候和目暮警官等人相识。
毛利兰
新一的青梅竹马，帝丹高中2年级B班，空手道社团女主将，都大会中有头号实力的文武双全的女生。一直喜欢着新一，在他突然消失后等待着他的归来。有时柯南的名推理会与新一的身影重叠，她开始像母亲一般温柔地照顾着柯南和少年侦探团。此外，和发小铃木园子是挚友，从以前开始便无话不谈。
毛利小五郎
小兰的父亲，前警视厅搜查一课刑警，与目暮警部是故交。现在在毛利侦探事务所营业，本来是个糊涂侦探，却因为经常以睡姿推理案情，屡破奇案，因此在业界享有“沉睡的小五郎”的美誉。实际上，他只是被柯南麻醉，借用声音说出真相，完全不记得过程，但仍对自己的推理能力深信不疑，认为自己有“双重人格”。
阿笠博士
住在新一隔壁的古怪发明家，自称“天才发明家”，热衷于科学实验。知道柯南真实身份的少数人物之一。是发明了蝴蝶结型变声器、脚力增强鞋、侦探徽章和足球射出腰带等许多侦探产品的可靠人物，也照料着少年侦探团。在灰原哀逃离组织之后保护着她，现与灰原哀住在一起，在灰原哀逃离组织之后保护着她。
灰原哀
外表是小孩，但其实是黑衣组织的一员，代号为“雪莉（Sherry）”，新一被灌下的毒药（APTX4869）的开发者，代号雪莉。姐姐被杀，背叛了组织，为了逃脱而服下了药物，变成小学生的样子。现在藏在阿笠博士家，和柯南一起在帝丹小学上学，另一边研究着解药。柯南是这世上唯一能与她分享相同境遇的对象。
吉田步美
7岁，帝丹小学一年级B班的学生，江户川柯南的同班同学。少年侦探团的偶像存在。性格天真活泼，单纯开朗，充满爱心和责任感，是个可爱的女孩，缺乏安全感，交际能力较强。自称“可爱的女侦探”，好奇心旺盛，但也是个爱哭鬼。另外，很喜欢柯南，但现在是少年侦探团女成员，进行着团队合作。
圆谷光彦
就读于帝丹小学1年级B班，少年侦探团成员。自幼年就和小岛元太和吉田步美是好友。喜欢阅读及吸取知识，学识在元太和步美之上，在同年龄的孩童中显得博学，对江户川柯南和灰原哀的学识非常钦佩。喜欢同班同学吉田步美，后喜欢灰原哀。认真的头脑派，有时也会解救柯南的危机，有协作性，是个绅士。
小岛元太
帝丹小学1年B班学生，少年侦探团成员，自称少年侦探团团长。经常说错话，有无人匹敌的强大正义感。有很大食量的吃货，身材是普通孩子体型的2倍，非常喜欢鳗鱼饭，一听到数额巨大的金钱时，就喜欢拿鳗鱼饭做比较。身体肥胖，食量极大，遇到任何事情都会先向食物方面想，喜欢吉田步美。
铃木园子
就读于帝丹高中二年B班的女高中生，工藤新一和毛利兰的同班同学，小兰的闺蜜。铃木财团的大小姐，喜欢流行的事物与品牌，与京极真是恋人关系，个性却大大咧咧。经常被柯南用麻醉枪弄睡后，借用她的嘴巴推理案情然后屡破奇案，人称“推理女王”。但因为是睡着的关系，所以根本不记得推理案情的经过。
赤井秀一(冲矢昴)
赤井秀一，FBI搜查官，世良真纯、羽田秀吉的哥哥，父亲是赤井务武，母亲是赤井玛丽。曾经卧底在黑衣组织调查，后身份暴露脱离组织。为了帮助CIA谍报员水无怜奈继续成功卧底组织，假装被枪击身亡，之后以冲矢昴的身份继续活动。赤井秀一是名侦探柯南中当之无愧的第一神枪手。在漫改中曾经在八百米外一枪命中琴酒的狙击镜。
降谷零(安室透)
降谷零，化名安室透，表面职业为私家侦探、波洛咖啡厅服务员，真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”。擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。曾伪装成伤疤赤井来观察赤井秀一是否已死 [3] 。为了调查毛利小五郎与雪莉是否有关联而接近毛利小五郎并拜他为师 [4] ，后对柯南的身份产生了兴趣。曾对FBI成员进行了一系列试探，并推断出赤井秀一未死和赤井假扮为冲矢昴活动的真相。
服部平次
服部平次，大阪改方学园高中部二年级学生，在学校是剑道社的队长，有名的西部高中生侦探，大阪府警本部长服部平藏的独子，与远山和叶是青梅竹马的同班同学，和工藤新一有“关东的工藤，关西的服部”之称（但服部自己却说应是“关西的服部，关东的工藤”）他皮肤黝黑（自称遗传自爷爷），尖刺状头发，浓眉，帅气，有很强的阳光气场，有着典型的武士气质，富有男子气概和男性魅力，带有浓厚的关西腔。
怪盗基德
古田高中二年B班学生，热爱魔术的17岁少年。其父黑羽盗一在8年前的魔术表演中失踪。因快斗意外发现家中密室，发现父亲就是曾活跃一时、8年前销声匿迹的怪盗基德，同时怀疑父亲并非死于演出意外，而是被人谋害。为了追查父亲失踪原因的真相而继承父亲怪盗的身份，以此引出犯人。有一位青梅竹马兼同班同学中森青子，她并不知道黑羽快斗身份，她的父亲中森银三为警视厅搜查二课警部，以抓捕怪盗基德作为最高目标。
世良真纯
世良真纯，高中生侦探，MI6特工赤井务武和赤井玛丽的女儿，FBI搜查官赤井秀一和将棋棋手羽田秀吉的妹妹。与母亲赤井玛丽同住在酒店且频繁更换住处，转学至帝丹高中2年B班，成为毛利兰和铃木园子的同班同学。擅长截拳道，推理能力出众。经常作中性打扮。因十年前与工藤新一见过从而猜到江户川柯南的真实身份。瞳色为墨绿，眼下部有黑眼圈，短发，有小波浪，微笑的时候会露出虎牙。有戴帽子的习惯，自称是为了模仿“已故”的哥哥的打扮。容貌与赤井玛丽、赤井秀一相似，也与灰原哀长得很像。
琴酒
琴酒，黑衣组织重要骨干成员之一，经常和伏特加一起出现，接受“那位先生”的直接命令。由于发现工藤新一偷窥到伏特加和一公司经理进行非法交易的画面，而将其击昏并强行给他灌下了尚在试验中的APTX4869，从此让新一身体缩小。其主要任务是负责组织的安全，专门消灭组织的敌人、铲除叛徒及暴露身份的组织成员。他还负责重要的交易，营救有价值的组织成员。琴酒身材高大，肤色偏白，披着一头银色长发（早期动画为金色或茶灰色），外型冷峻孤傲，有着让人不寒而栗的杀手气质。
伏特加
伏特加是黑衣组织的干部，在组织中负责重要的交易买卖，琴酒的搭档，完全服从琴酒且一起行动，总是称呼他“大哥”、“老大”。身材魁梧且总是带着墨镜，极其凶恶但头脑有些迟钝，但擅长使用多种武器，有时也会代替琴酒驾车。虽大部分能力都不及琴酒，但擅长使用手枪、IT、驾驶交通工具，作案手段极端残忍。命名来自俄国同名烈酒。
贝尔摩德
贝尔摩得，黑衣组织的重要成员，表面身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老，在莎朗·温亚德“死”后而后对外宣称是为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。在黑衣组织中负责收集重要的情报，是黑衣组织的Boss“那位先生”欣赏的人。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。她坚信柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”。